In Kupang, musim hujan biasanya mendung, musim kering biasanya sebagian berawan, dan umumnya panas dan menyengat sepanjang tahun. Sepanjang tahun, suhu biasanya bervariasi dari 21°C hingga 33°C dan jarang di bawah 20°C atau di atas 34°C. Musim panas berlangsung selama 1,8 bulan, dari 25 September sampai 19 November, dengan suhu tertinggi harian rata-rata di atas 32°C. Bulan terpanas dalam setahun di Labuanbajo adalah November, dengan rata-rata suhu terendah 32°C dan tertinggi 24°C. Musim dingin berlangsung selama 2,5 bulan, dari 31 Desember sampai 15 Maret, dengan suhu tertinggi harian rata-rata di bawah 30°C. Bulan terdingin dalam setahun di Labuanbajo adalah Juli, dengan rata-rata terendah 21°C dan tertinggi 31°C.